Nacido en una familia republicana, estudió derecho en la Universidad de Valladolid. En 1920 consiguió por primera vez el acta de concejal en el Ayuntamiento de Donostia. En la dictadura de Primo de Rivera (1923-1930) todos los concejales elegidos de forma democrática fueron sustituídos y así, Fernando Sasiain quedó fuera de la política institucional durante algunos años.

Nombrado presidente de Unidad Republicana de Donostia en 1930, fue uno de los participantes en el llamado Pacto de San Sebastián, el cual tenía como objeto impulsar la formación de un Estado republicano. En las elecciones del 12 de abril de 1931, junto con la llegada de la Segunda República, fue nombrado alcalde de Donostia. Fue el máximo representante de la ciudad hasta que el 13 de septiembre de 1936 Donostia fue conquistada por los golpistas.

Huyó primero a Bizkaia, y a mediado de 1937 a Barcelona junto con el Gobierno Vasco. Al final de la guerra, abandonó Cataluña y se instaló en Lapurdi, donde residiría durante 11 años. En 1941 fue arrestado por los nazis y encarcelado en Baiona, aunque seguidamente fue liberado.

Fernando padeció una depresión profunda que le llevó a un intento de suicidio en 1947. En 1949 regresó a Donostia. Fue juzgado en Consejo de Guerra, si bien, debido a su estado de salud, fue internado en el Psiquíatrico de Donostia. Su familia estaba hundida económicamente, y por tal motivo Fernando fue trasladado al Psiquíatrico San Juan de Dios de Palencia en 1951, donde falleció el 15 de noviembre de 1957.